Joachim Mrugowsky (15. elokuuta 1905 Rathenow – 2. kesäkuuta 1948) oli saksalainen natsitohtori, hygienisti, apulaisprofessori, lääketieteen tohtori ja Waffen-SS:n hygieniainstituutin päällikkö. Hän toimi toisen maailmansodan aikana vanhempana hygienistina SS-joukoissa, ja oli arvoltaan SS-eversti. Häntä syytettiin sodan jälkeen lääkärioikeudenkäynnissä. Hänen isänsä kuoli ensimmäisen maailmansodan alussa. Vuonna 1925 Joachim Mrugowsky aloitti luonnon- ja lääketieteenopintonsa Hallessa. Hän päätti opiskelunsa 1930–1931 ja sai molemmista tieteistä tohtorinarvon. Kahden vuoden työharjoittelun jälkeen hänestä tuli assistentti Hallen yliopiston hygieniainstituuttiin. Hänestä tuli avustava professori hygienian alalla Berliinin yliopistoon syyskuussa 1944.

Mrugowsky oli kannattanut natsi-ideologiaa vuodesta 1930 ja hän oli ensin ryhmänjohtajana paikallisessa kansallissosialistisessa opiskelijajärjestössä sekä sittemmin Saksan kansallissosialistisen puolueen puoluejäsen (Nro. 210 049). Vuonna 1931 hän liittyi SS:ään, jossa yleni sekä Waffen-SS:n että SS:n everstiksi.

Vuonna 1940 hän oli fysiatrina SS-divisioona ”Das Reichin” kenttäsairaalassa, ja osallistui natsien sotaretkeen Länsi-Euroopassa. Hän osallistui miltei kaikenlaisiin kokeisiin, joita tehtiin keskitysleirivangeilla. Häntä syytettiin Nürnbergin lääkärioikeudenkäynnissä rikoksista ihmisyyttä vastaan. Mrugowsky tuomittiin kuolemaan elokuussa 1947 ja teloitettiin 2. kesäkuuta 1948.