Vuonna 1814 Quoy väitteli lääketieteen tohtoriksi Montpellier’ssa. Vuonna 1815 hän sai lääkärin viran Rochefortin laivastosairaalassa.
Quoy palveli yhdessä Joseph Paul Gaimardin kanssa lääkärinä ja luonnontieteilijänä L’UraniellaLouis Claude de Saulces de Freycinetin johtamalla maailmanympäripurjehduksella (1817–1820). He palvelivat myös Astrolabella (1826–1829) Jules Dumont d’Urvillen alaisuudessa. He kuvailivat nykyisin sukupuuttoon kuolleen (tonganjättiläiskaivajaliskon) (Tachygia microlepis) viimeksi mainitulla matkalla. Sukupuuttoon kuollut uudenseelanninviiriäinen (Coturnix novaezelandiae) on myös heidän kuvailemansa.[1]
Vuonna 1830 Quoy valittiin Ranskan tiedeakatemian jäseneksi. Vuosina 1848–1858 hän toimi laivaston ylitarkastajana.
Quoyn kunniaksi on nimetty mustahuiluvaris (Cracticus quoyi).