Hayatou oli AfrikanjalkapalloliitonCAF:in puheenjohtajana vuodesta 1987 vuoteen 2017, jolloin hän hävisi äänestyksen madagaskarilaiselle Ahmad Ahmadille.[2] Kansainvälisen jalkapalloliiton Fifan hallituksen jäsenenä hän toimi vuodesta 1990 ja varapuheenjohtajana vuodesta 1992.
Hayatou hävisi 2002 Fifan puheenjohtajaäänestyksen Sepp Blatterille äänin 139–56. Hayatou oli erityisesti joidenkin eurooppalaisten jäsenten puskema ehdokas, sillä he olisivat halunneet eroon Blatterista. Hayatou nousi vuonna 2015 virkaa toimittavaksi puheenjohtajaksi, kun Blatter hyllytettiin korruptiosyytösten takia. Hän jatkoi tehtävässä helmikuulle 2016, jolloin Gianni Infantino valittiin Blatterin seuraajaksi. Hayatou ei itse joutunut tuomituksi Fifaan kohdistuneissa laajoissa korruptiotutkimuksissa. Häneen kuitenkin kohdistettiin muutamia syytöksiä, jotka eivät kuitenkaan johtaneet jatkotoimiin.[3]