Houtskarin vaakuna oli Houtskarin kunnan tunnus. Vaakunan hansalaiva aihe viittaa sekä paikkakunnan vanhoihin merenkulkuperinteisiin sekä tarinaan siitä, että saaren asutus olisi hansojen peruja. Kalat viittaavat merikalastukseen.
Vaakunan selitys on ”hopeakentässä punainen kolmimastoinen hansalaiva purjehtimassa aaltokoroisella sinisellä tyviöllä, jossa kolme hopeista kalaa järjestettynä 2 + 1.” Vaakunan on suunnitellut Gustaf von Numers, ja Houtskarin kunnanvaltuusto hyväksyi sen kokouksessaan 16. toukokuuta1951. Sisäasiainministeriö vahvisti vaakunan käyttöön 11. syyskuuta samana vuonna.