Hjalmarin isä, Karl Fredrik Braxén, oli Enontekiönnimismies, joka kuoli tapaturmaisesti 1863 Hjalmarin ollessa kolmevuotias. Talo huutokaupattiin ja nuori äiti joutui varattomana muuttamaan Kalajoelle. Katovuosien vuoksi perhe koki ankaraa puutetta. Äiti hankki perheelle elatuksen pitämällä säätyläisperheiden lapsille koulua ja harjoittamalla pientä leipomoa. Perhe joutui kuitenkin usein hartaassa rukouksessa pyytämään Jumalalta jokapäiväistä leipää. Jumala auttoi ihmeellisesti, eikä perhe edes nälänhädän aikana joutunut syömään pettuleipää.
Keväällä 1877 Hjalmar Braxén koki uudestisyntymisen apteekkari Fr. Borgin kautta. Braxén tunsi Jumalan kutsuvan häntä valtakuntansa työhön ja 1880 hän muutti Helsinkiin kirjautuen yliopiston teologiseen tiedekuntaan. Muutamassa vuodessa hän suoritti jumaluusopin erotutkinnon korkeimmilla arvosanoilla. Hän ei kuitenkaan omantuntonsa tähden voinut vihkiytyä valtiokirkon papiksi, sillä hän koki, että se olisi sitonut hänen kätensä ja olisi estänyt häntä toimimasta sielujen voittamiseksi.
Pentti Rantanen: Santalan kartanon merkitys Suomen Vapaakirkolle 1923–1946; Suomen ja Skandinavian kirkkohistorian pro gradu-tutkielma; Helsingin yliopisto 2016