Pelissä otettiin käyttöön useita uusia ominaisuuksia, jotka sittemmin tulivat tavaksi myöhemmissä osissa. Ensimmäinen näistä oli sankarien mahdollisuus oppia erityisiä kykyjä. Jokaisella sankarilla on mahdollisuus oppia kahdeksan taitoa neljästätoista vaihtoehdosta. Taidoilla on myös kolme tasoa (basic, advanced ja expert), joita pystyy korottamaan aina basic-tasosta expert-tasoon. Eri taitoja ovat esimerkiksi "Wisdom", jonka avulla sankari voi oppia kolmatta tasoa korkeampia loitsuja, ja "Logistics", joka nostaa sankarin kykyä liikkua maalla.
Taikajärjestelmä muuttui Heroes II:ssa. Sarjan ensimmäisessä osassa jokaisella taialla on tietty määrä käyttökertoja, mutta Heroes II:ssa tuli käyttöön "mana", joka säätelee taikojen käyttöä: mitä suuremman tason loitsuja käyttää, sitä enemmän manaa kuluu.
Peliin tuli myös moraali ja onni. Hyväonnisen sankarin yksiköt voivat satunnaisesti aiheuttaa vihollisyksikölle enemmän vahinkoa.
Jos sankarilla on hyvä moraali, niin mikä tahansa yksikkö voi saada taistelussa uuden vuoron. Huono moraali saattaa vastaavasti aiheuttaa vuoron menettämisen.
Toinen merkittävä muutos oli mahdollisuus korottaa yksiköitä tehden niistä voimakkaampia. Esimerkiksi vampyyrien korottaminen vampyyrilordeiksi tuo niille uusia kykyjä, kuten terveyden imemisen toisista joukoista sekä omien vampyyrilordien herättämisen eloon. Archerin korotettu muoto taas pystyy ampumaan kaksi kertaa peräkkäin ja tekee näin tuplasti vahinkoa.
