Sodan jälkeen hänet tuomittiin Nürnbergin oikeudenkäynneissä poissaolevana kuolemaan, mutta hän pakeni toisen natsisotarikollisen Franz Stanglin kanssa Brasiliaan. Wagnerille myönnettiin vuonna 1950 Brasiliassa pysyvä turvapaikka, ja hän asui siellä Günther Mendel -nimisenä[1] pidätykseensä 30. toukokuuta1978. Luovutuspyyntöjä tuli Israelista, Itävallasta (jonka kansalainen Wagner oli ollut) ja Puolasta, mutta Brasilian viranomaiset torjuivat pyynnöt. 22. toukokuuta1979 Brasilian korkein oikeus hylkäsi myös Länsi-Saksan luovutuspyynnön. BBC haastatteli Wagneria 1979, eikä hän ilmaissut lainkaan katumusta sodan aikaisista teoistaan. Lakimiehensä mukaan Wagner teki itsemurhan lokakuussa 1980[1]. Hän oli ilmeisesti työntänyt veitsen rintaansa.