Connessonin varhaisia teoksia leimasi avoimuus taidemusiikin ulkopuolisille vaikutteille, kuten popmusiikille, mikä näkyy muiden muassa teoksissa Disco-Toccata (1994), Double Quatuor (1994), Night Club (1996) ja Techno-Parade (2002). Muihin vaikutteisiin on kuulunut laajalle ulotettu tanssillisuus, joka on merkittävässä asemassa esimerkiksi teoksessa Sextuor (1999).[1] Connessonin sävelkieli on uustonaalinen, ja hän on omaksunut barokkimusiikista tutun pulssin jatkuvuuden.[2]
Connesson sävelsi vuonna 1998 uuden musiikin F. W. Murnaun samannimiseen lyhytelokuvaan, Auringonnousuun. Hänen orkesterituotantoonsa kuuluvat myös teokset Enluminures (1999), Triptyque symphonique (1997–2007) ja Une lueur dans l'âge sombre (2005). Vokaalimusiikkia edustavat teokset Liturgies de l'ombre, Le Livre de l'amour ja Medea. KantaattiAthanor (2003) on sävelletty sooloäänelle, kuorolle ja orkesterille.[1]