Guatemalan San Carlosin yliopisto (esp.Universidad de San Carlos de Guatemala) on Guatemalassa toimiva yliopisto. Sen päätoimipaikkana on pääkaupunki Ciudad de Guatemala, mutta Guatemalan San Carlosin yliopistolla on alueellisia kampuksia myös muualla maassa. Se on maan vanhin ja suurin yliopisto.[1]
Amerikan mantereella on vain kolme Guatemalan San Carlosin yliopistoa vanhempaa yliopistoa. Guatemalan San Carlosin yliopiston perusti vuonna 1676 EspanjanKaarle II. Yliopistoon kuului vuonna 2023 neljäkymmentä akateemista yksikköä. Samana vuonna yliopistossa oli 197 442 opiskelijaa ja 8 776 henkilökunnan jäsentä.[1]
Guatemalan San Carlosin yliopiston opiskelijoista sadat joutuivat maassa toimineiden kuolemanpartioiden murhaamiksi vuoden 1985 vaaleja edeltäneen vuosikymmenen aikana. Yliopistoon kohdistui poliittista väkivaltaa tämän jälkeisissäkin Guatemalan sisällissodan vaiheissa.[2]