Naudé syntyi Pariisissa ja opiskeli lääketiedettä Pariisissa ja Padovassa. Hänestä tuli Ludvig XIII:n lääkäri. Vuonna 1629 hänestä tuli kardinaali Bagnin kirjastonhoitaja Roomassa, ja tämän kuoltua vuonna 1641 kardinaali Barberinin kirjastonhoitaja. Myös Kardinaali Richelieu aikoi tehdä Naudésta kirjastonhoitajansa, ja tämän kuoltua Naudé hyväksyi saman viran kardinaali Mazarinin palveluksessa. Seuraavan kymmenen vuoden ajan hän kokosi kirjoja Euroopan eri puolilta suureen Bibliothèque Mazarineen.
Fronde-kapinan seurauksena parlement myi kirjaston. Kuningatar Kristiina kutsui Naudén Tukholmaan. Hän ei kuitenkaan viihtynyt Ruotsissa, ja Mazarinin pyydettyä tätä palaamaan ja kokoamaan hajallaan olevan kirjaston uudelleen, tämä suostui. Hän kuitenkin kuoli matkalla Abbevillessä vuonna 1653.
Naudén toimittamia teoksia
Le Marfore, ou discours contre les libelles (Pariisi, 1620), hyvin harvinainen, uusintapainos 1868
Instruction à la France sur la vérité de l'histoire des Frères de la Roze-Croix (1623, 1624), ruusuristiläisten petoksista
Apologie pour tous les grands personnages faussement soupçonnez de magie (1625, 1652, 1669, 1712), puolustettuina ovat muun muassa Pythagoras, Sokrates ja Tuomas Akvinolainen
Advis pour dresser une bibliothèque (1627, 1644, 1676)
Addition à l'histoire de Louys XI (1630), sisältää selonteon kirjanpainamisen alkuperästä
Bibliographia politica (Venetsia, 1633, jne.; Ranskassa 1642)
