Pelin taistelusysteemi tulee olemaan muokattu versio Final Fantasy XIII:n Command Synergy Battle ja Paradigm-systeemeistä. Systeemien vanhat ominaisuudet palaavat ja mukana on uusia ominaisuuksia. Esimerkiksi peli sisältää ns. Cinematic Action -liikkeitä, jotka tapahtuvat pelin tietyissä kohdissa.
Toisin kuin Final Fantasy XIII:ssa, viholliset eivät ole näkyvillä vaan ne ilmestyvät tyhjästä, eli taistelut ovat satunnaisia. Taisteluja varten peliin on lisätty uusi ominaisuus nimeltä Mog Clock, jonka avulla pelaaja voi saada yliotteen taisteluissa. Näin pelaaja saa taistelun alkuun bonuksia, jotka helpottavat taistelua. Mikäli pelaaja ei saa painettua näppäintä oikeaan aikaan, ja joutuu viholliskontaktiin, taistelu tapahtuu standardina, jolloin pelaaja ei saa aloitusbonuksia, mutta viholliset eivät myöskään. Mutta jos pelaaja ei onnistu painamaan näppäintä ja viholliset ovat jo täysin selvillä pelaajan läsnäolosta, pelaaja joutuu taisteluun alakynnessä. Tämä systeemi toisin sanoen antaa pelaajalle mahdollisuuden itse päättää, onko taistelun tilanne normaali, etuoikeutettu vai väijytys.
Pelissä voi myös ottaa haltuun ja käyttää hirviöitä liittolaisina. Jokaisella hirviöllä on asetettuna yksi rooli, ja ne taistelevat sen mukaan. Kullakin hirviöllä on oma erikoistaito nimeltä Feral Link. Pelissä esiintyy myös uudenlaisia sivutehtäviä, Temporal Rift -nimisiä sokkeloita, joissa pelaajan on kerättävä kristalleja samalla kun itse alue katoaa. Pelin E3-trailerissa ilmenee, että jotkut Final Fantasy XIII:n eidoloneista palaavat uusin ominaisuuksin. Ainakin Odin ja Bahamut palaavat.
Tarina
Hahmot
Pelissä on kolme hallittavaa hahmoa, kaksi päähahmoa ja yksi väliaikaisesti hallittava. Pelin päähenkilönä toimii Final Fantasy XIII:n päähenkilön Lightningin pikkusisko Serah Farron, jolla oli iso osa Final Fantasy XIII:n tarinassa, mutta siinä hän ei ollut pelattava hahmo. Lightning itse on väliaikaisesti pelattava hahmo. Lightning on nykyään ritarina Valhallassa ja hänen tehtävänsä on suojella jumalatar Etroa. Toinen varsinainen pelattava hahmo on salaperäinen nuori mies nimeltä Noel Kreiss. Noel on kotoisin tulevaisuudesta, jossa hän on ainoa elävä ihminen. Nyt hän yrittää estää sen tulevaisuuden.
Edeltävästä pelistä tuttuja hahmoja on lisäksi varmistettu Snow Villiers, joka on väliaikaisesti auttamassa tappeluissa, mutta ei varsinaisesti pelattava.
Myös edellisestä pelistä tuttu Hope Estheim on mukana pelissä, joskaan hän ei ole pelattavana. Hän johtaa Academiaa, ja hänen assistenttinansa toimii Alyssa Zaidelle.
Sazh Katzroyn tiedetään työskentelevän Gran Pulsen hyväksi, mutta enempää ei ole kerrottu hänen roolistaan.
Muita uusia hahmoja taas on esimerkiksi Caius Ballad, joka on mysteerinen violettihiuksinen mies. Hän on pelin antagonisti ja Noelin entinen ystävä ja opastaja. Hän on aikajanan vartija.
Pelin hahmosuunnittelija Tetsuya Nomura on todennut, että kaikki edeltävän pelin hahmot tullaan näkemään siten, että jokainen hahmo on muuttunut jotenkin.
Juoni
Varoitus:Seuraava kirjoitus paljastaa yksityiskohtia juonesta.
Pelin tapahtumat sijoittuvat kolme vuotta Final Fantasy XIII:n päättymisen jälkeen. Kun Lightning ystävineen tuhosivat Orphanin ja Oerba Dia Vanille sekä Oerba Yun Fang muuttuivat Ragnarokiksi estääkseen Cocoonia törmäämästä Gran Pulseen, fal’Cien valtakausi oli ohi ja Cocoonista selviytyneet ihmiset muuttivat asumaan Gran Pulseen, maailmaan jota he olivat aina pelänneet. Mutta nyt kun he olivat lopultakin nähneet totuuden Pulsesta, kaikki tämä pelko oli hävinnyt.
L'Cien tilasta vapauduttuaan Snown, Hopen ja Sazhin kanssa, Lightning tapaa jälleen siskonsa, Serahin,
kun hän herää kristallitilastaan.
Kuitenkin, Orphanin tuho ja Cocoonin tippuminen aiheuttaa sivufektin, joka vie Lightningin pois omasta ajastaan
Valhallaan. Sen seurauksena moni uskoo että Lightning on kuollut ja uhrautui Vanillen ja Fangin mukana.
Serah on ainoa joka uskoo siskonsa olevan elossa.
Kaksi vuotta myöhemmin Snow Villiers, lähtee etsimään Lightningia Serahin vuoksi, mutta katoaa itse.
Vuoden päästä hirviöt hyökkäävät Serahin uuteen kotikaupunkiin New Bodhumiin, ja hänet pelastaa salaperäinen nuori mies nimeltä Noel Kreiss. Serah liittyy Noelin mukaan ja he lähtevät etsimään Lightningia. Lightning on joutunut toiseen maailmaan, joka on yhteydessä Gran Pulseen ja saanut tietää uudesta Gran Pulseen kohdistuvasta uhasta. Tässä maailmassa hän on joutunut palvelemaan jumalatar Etroa ja kohdannut salaperäisen miehen, Caius Balladin, joka vaikuttaisi tekevän samanlaista tehtävää kuin Lightning.
