Alue muodostettiin venäläisten valtaamasta Kokandin kaanikunnasta vuonna 1876. Se jakautui Andižanin, Kokandin, Margelanin, Namanganin, Ošin ja Tšustin kihlakuntiin. Margelanin kihlakunnan keskuksena toimi vuoteen 1880 saakka Margelan ja sen jälkeen Novyi Margelan (Skobelev). Tšustin kihlakunta lakkautettiin vuonna 1887. Vuosina 1875 ja 1895–1896 suoritetun rajankäynnin jälkeen Ferganan alueeseen liitettiin myös Venäjälle kuulunut Pamirin alue.[1]
Ferganan alueen asukkaista suurin osa oli uzbekkeja ja muita turkkilaisia kansoja ja pieni osa tadžikkeja. Heidän pääelinkeinonsa oli maanviljely ja Pamirilla karjanhoito.[1]
Lokakuun vallankumouksen jälkeen Kokandissa perustettiin lyhytikäiseksi jäänyt Kokandin autonomia. Vuosina 1918–1924 Ferganan alue kuului Turkestanin autonomiseen neuvostotasavaltaan. Alueella sodittiin bolševikkeja vastaan, ja vuonna 1919 basmatšit valtasivat vähäksi aikaa Ošin kaupungin.[1]
Vuonna 1925 perustettiin Uzbekistaniin kuulunut Ferganan alue, mutta se lakkautettiin jo seuraavana vuonna piirikuntajakoon siirryttäessä. Uusi Ferganan alue muodostettiin vuonna 1938.[1]