Pontoppidan opiskeli Fredericiassa 1716–1718, josta hän meni opettajaksi Norjaan. Hän jatkoi sittemmin opintojaan Hollannissa sekä Englannissa Lontoossa ja Oxfordissa. 1721 hänelle avautui pappisura, joka lopulta 1747 johti piispuuteen Bergenissä. Pontoppidan oli pietisti.
Vuonna 1736 kruunu määräsi hänet laatimaan Lutherinkatekismuksen selitykset ja virsikirjan. Näiden kahden kirjan ansiosta pietismi sai Tanskassa vahvan jalansijan.