Enontekiön Erälukio on pärjännyt useassa oppilaiden osaamisen kehittymistä mittaavassa lukiovertailuissa hyvin.[1][9][10][5] Koulu sijoittui STT:n kevään 2020 lukiovertailussa ensimmäiseksi Suomen pienten, alle 50 ylioppilaskokelaan lukioiden ryhmässä. Tulos perustui neljän keväällä 2020 valmistuneen ylioppilaan opintomenestykseen. Osaltaan tulos kuvastaa lukio-opetuksen hyvää tasoa. Tässä lukiovertailussa mitataan osaamisen kehittymistä tarkastelemalla oppilaiden ylioppilastutkinnon arvosanoja verrattuna lukion sisäänpääsykeskiarvoihin kolme vuotta aiemmin.[5] Verrattaessa Enontekiön Erälukiosta valmistuneiden ylioppilasarvosanoja absoluuttisella asteikolla on lukio sijoittunut useana vuonna valtakunnallisesti maan keskiarvotason tuntumaan.[11][12][13]
Vuonna 2015 Enontekiön Erälukio sijoittui kansallisessa ylioppilaskirjoitusmenestystä arvioivassa lukiovertailussa Suomen parhaiten menestyneeksi lukioksi. Neljän pakollisen aineen yhteenlaskettujen pisteiden keskiarvo oppilasta kohden oli Enontekiön Erälukiossa 25, kun taas toisen sijan saaneen Etelä-Tapiolan lukion pisteiden keskiarvo oli 24,24. Sivuhuomiona se, että Enontekiön erälukiosta valmistui tuolloin vain yksi oppilas, kun taas Etelä-Tapiolan lukiosta valmistuneiden oppilaiden määrä oli 113.[14]
