Milingo on katolisen kirkon yleistä nykylinjaa liberaalimpi ja tukee pappien oikeutta avioliittoon. Hän on itse naimisissa. Hän joutui ekskommunikoiduksi vuonna 2006 vihittyään naimisissa olleita miehiä piispoiksi. Hän on puhunut Sun Myung MooninYhdistymiskirkon puolesta.