Schäfer syntyi Hultschinissa (Hlučín) Sleesian provinssissa. Hän palveli ensimmäisessä maailmansodassa kenttätykistörykmentissä. Sodan jälkeen hän liittyi oikeistolaiseen Freikorpsin ryhmään Marinebrigade Ehrhardtiin ja 1925–1928 Stahlhelmiin. Hän kääntyi katolilaisesta protestantiksi 1928.
Schäfer liittyi SA:han 1933 ja nimitettiin ryhmänjohtajaksi 20. huhtikuuta 1933. Hän oli Sicherheitsdienstin (SD) aktiivinen jäsen SS:n turvallisuuspalvelussa jo 1933 ja liittyi SS:ään syyskuussa 1936. Schäfer otti osaa keskusteluun Berliinissä 21. syyskuuta 1939 Heydrichin, Adolf Eichmannin ja valtakunnan turvallisuustoimiston johtajien kanssa.
Toisen maailmansodan aikana hän oli turvallisuuspoliisin päällikkönä Serbiassa. Sodan jälkeen hänet tuomittiin Saksassa kuudeksi ja puoleksi vuodeksi vankeuteen 6 280 naisen ja lapsen murhaamisesta kaasulla.
