Sen jälkeen kun Georgia erosi Unionista, Thomasista tuli eversti 35. Georgian jalkaväkeen lokakuussa 1861. Rykmentti sijoitettiin Joseph R. Andersonin prikaatiin, josta tuli osa A. P. Hillin kuuluisaa ”Kevyttä divisioonaa”. Palvellessaan rykmentinpäällikkönä Thomas haavoittui Mechanicsvillessä Seven Daysin sotaretken aikana. Haavoittuminen ei kuitenkaan ollut vakava ja Thomas pysyi palveluksessa. Kun Anderson lähti johtamaan Tredegar-rautatehdasta Richmondiin, Thomas ylennettiin prikaatin komentajaksi. Thomas komensi Georgian prikaatia kevyessä divisioonassa sodan loppuun ja oli läsnä kaikissa suurissa taisteluissa Pohjois-Virginian armeijassa.
Kun divisioonan komentaja William Dorsey Pender haavoittui kuolettavasti Gettysburgin taistelussa, Thomas oli vanhin komentaja divisioonassa. Häntä ei kuitenkaan ylennetty divisioonan komentajaksi, kenties koska se käsitti kaksi Pohjois-Carolinan prikaatia eikä georgialainen ollut suosiossa. Thomas pysyi prikaatinkenraalina Appomattoxiin saakka.
Thomas palasi sodan jälkeen plantaasilleen. Vuonna 1885 presidentti Grover Cleveland nimitti Thomasin virkaan maahallinnossa. Thomas päätti elämänsä komennuksella intiaaniasiain toimistoon. Hän kuoli South McAlesterissa intiaaniterritoriossa, ja hänet on haudattu KiowaanOklahomaan.
Tämä artikkeli tai sen osa on käännetty tai siihen on haettu tietoja muunkielisen Wikipedian artikkelista. Alkuperäinen artikkeli: en:Edward Lloyd Thomas