Ellilä kävi kansakoulun jälkeen Itä-Hämeen kansanopiston ja perusti sitten kotikyläänsä nuorisoseuran ja useita opintokerhoja. Mentyään naimisiin hän muutti vuonna 1920 Heinolaan, missä hän työskenteli toimitusharjoittelijana Heinolan Sanomat- ja Heinolainen-lehdissä (1926-1927). Vuonna 1926 Ellilä siirtyi Porvooseen, missä hän toimi aina vuoteen 1957 saakka WSOY:n palveluksessa kustannusvirkailijana. WSOY:n palveluksessa hän oli Nuoren Voiman Liiton toiminnanjohtaja 1926-1937 ja uudelleen 1941-1944. Kansan Kuvalehden päätoimittaja 1927-1934 ja Uudenmaan Sanomien va. päätoimittaja 1941-1943.[1] Ellilä oli kiinnostunut nuorisoseura- ja kansanvalistustoiminnasta ja hän aloitti kirjallisuuden keräämisen jo nuoruusvuosinaan.
Ellilä sai SKR:n tunnustuspalkinnon 1949 ja kirjastoneuvoksen arvonimen 1953.
Ellilän kokoelmassa oli suomalaisten kirjailijoiden teosten ensipainoksia 1900-luvun alusta aina 1960- ja 1970-luvuille saakka. Ellilä lahjoitti 1960-luvulla 20 000 teosta Helsingin yliopiston kirjastolle ja 7 000 teosta Harvardin yliopiston kirjastolle. Vuonna 1977 hän lahjoitti vielä 3 200 teosta Lahden kaupunginkirjastolle.
Kaksi itähämäläistä talonpoikaissukua : Tuomas Tuusjärven ja Adam Telkkävuoren l. Ellilän esivanhempia ja lähimpiä sukulaisia. Omakustanne, Porvoo 1940
Kansalaisjärjestöjen näytelmäopas : luettelossa on mainittu 378 seuranäytelmää. Kansalaisjärjestöjen raittiustoiminnan keskusliitto, Helsinki 1943
Kirjanystävien aapinen : 34 viitettä kirjojen keräilijöille. Gummerus 1943
Elävä kirjain : yhdeksän lukua kirjoitustaidon ja kirjapainotaidon kehityshistoriasta. WSOY 1947
Kirja on kohtaloni. Gummerus 1948
Oma kirjastoni : suomalaisia yksityiskirjastoja omistajiensa kuvaamina. WSOY 1949
Tämä on minun exlibrikseni : uusia suomalaisia kirjanomistajanmerkkejä, toimittanut E. J. Ellilä. Gummerus 1949
Kirjallisia salanimiä ja nimimerkkejä. 1952, 2. täydennetty painos SKS 1966
Kirjojen taika. Porvoo: WSOY, 1952.
Werner Söderström osakeyhtiön juhlaluettelo 1878-1953 / Jubilee catalogue of Werner Söderström oy. 1878-1953, toimittanut E. J. Ellilä avustajinaan Leena Karro ym, historiikin kirjoittanut Yrjö A. Jäntti. WSOY 1953
Lukijan persoonallinen suhde kirjaan. Omakustanne, Porvoo 1956
Tehty seisoo ja sanottu pysyy : hokuja, sutkauksia ja sananparsia Sysmän pitäjästä, kerännyt E. J. Ellilä. Omakustanne, Porvoo 1957
Kirjan vuosisata : suomenkielisen kirjan vaiheilta kansallisen heräämisen vuosisadalla : muistiinpanoja. Uusimaa, Povoo 1959
Werner Söderström osakeyhtiön juhlaluettelo, osa 2: Kustannustuotanto 1953-1958, luettelot toimittanut E. Ellilä. WSOY 1959
Erik Johan Blom, Sysmän kappalainen. 1960
Piekkolan lähde sekä muita itähämäläisiä kotiseutuaiheita : 16 kuvaa. Heinola 1961
"En huoli sinun viinastas" : väkijuomien käyttö ja raittius Aleksis Kiven kuvaamana. Suomen raittiusjärjestöjen liitto, Helsinki 1962
Mikä on kirja. Omakustanne, Porvoo 1962
E. J. Ellilän kirjaston luettelo, osa 1 A-L. Helsingin yliopiston kirjasto 1964
Itähämäläisiä kirjailijoita : Erik Johan Blomista Kaarina Helakisaan. Heinola 1966
E. J. Ellilän kirjaston luettelo, osa 1 M-Ö, käsikirjoitukset. Helsingin yliopiston kirjasto 1967
Kirjallisen tuotantoni luettelo 1905-1968, Helsingin yliopiston kirjaston monistesarja 2. 1969