Digimon Tamers on kolmas Digimon-animesarja. Toisin kuin Digimon Adventure ja Digimon Zero Two, tämä sarja sijoittuu vaihtoehtoiseen todellisuuteen, jossa aiemmat sarjat ovat vain fiktiota. Lisäksi tässä sarjassa taistelut sijoittuvat suurimmalta osin ihmisten maailmaan ja eräänlaisella korttipelillä on myös sarjassa vahva rooli.
Tarinan päähenkilö on poika nimeltä Takato Matsuki, joka haaveilee omasta digimonista. Eräänä päivänä Takato löytää digimon-korttiensa joukosta muista poikkeavan kortin. Hän vetää kortinlukulaitteensa läpi, jonka seurauksena laite muuttuu digiviceksi. Samana päivänä koulussa Takato piirtää unelmiensa digimonin, Guilmonin, muistivihkoonsa. Takaton ollessa lähdossä huoneestaan digivice alkaa itsekseen skannaamaan piirrosta ja muistivihon muita sivuja, minkä jälkeen digiviceen ilmestyy muna, josta myöhemmin kuoriutuu hänen piirtämänsä Guilmon. Takatosta tulee digimon-kesyttäjä ja muiden myöhemmin tapaamiensa digimonkesyttäjien avulla taistelee pahoja digimoneja vastaan ensin meidän maailmassamme ja myöhemmin Digimaailmassa.
Viholliset
D-Reaper: Ohjelma, joka luotiin jo ennen digimoneja. Se tuhoaa ylikasvaneet ja monilukuiset ohjelmat. Se sekosi ja alkoi pitää sekä digimaailmaa että ihmisten maailmaa liian suurina ja alkoi tuhota niitä molempia. Muuttui takaisin vaarattomaksi ohjelmaksi, kun MegaGargomonin aktivoima Shaggai sulki sen sisäänsä.
Zhuqiaomon: yksi Jumaldigimoneista. Lähetti kätyrinsä, Devat, etsimään Calumonia. Halusi tuhota lapset ja heidän digimoninsa, koska piti heitä uhkana, mutta lopulta toinen Jumaldigimon Azulongmon lopetti erimielisyyden hänen ja lasten välillä.
Hypnos: Mitsuo Yamakin johtama ja tarkastajan valtuuttama järjestelmä, jonka tehtävä oli valvoa Internetiä. Yamaki piti digimoneja pelkkinä tekoälyinä, jotka luulivat olevansa eläviä ja haluasivat tuhota ihmiset, minkä vuoksi hän halusi tuhota ne kaikki mukaan lukien myös kesyttäjien digimonit (uskoen kesyttäjien pitävän koko asiaa pelkkänä leikkinä). Hypnos käytti mm. Yuggoth- ja Shaggai-nimisiä ohjelmia. Myöhemmin digimonit luoneisiin tutkijoihin kuulunut Henryn isä entisten työtoveriensa kanssa liittyi sen työntekijöiksi. Mutta sen jälkeen, kun Makuramon sabotoi Shaggain toiminnan lähes tuhoten Hypnosin päämajan, Yamaki myöntyi jättämään kesyttäjille, mutta auttoi heitä pitämään yhteyttä oikeaan maailmaan, palaamaan myöhemmin takaisin, sekä taistelemaan D-Reaperiä vastaan.
