Dakotan territorio (engl. Dakota Territory) oli Yhdysvaltain hallinnollinen territorio vuosina 1861–1889. Se kattoi nykyiset Etelä- ja Pohjois-Dakotan osavaltiot sekä osia Wyomingin ja Montanan osavaltioista.^[1]

Territorion alue ei kuulunut vuosina 1858–1861 mihinkään Yhdysvaltain hallinnollisen territorion tai osavaltion alaisuuteen. Tämän vuoksi 2. maaliskuuta 1861 alueelle luotiin uusi territorio presidentti James Buchananin päätöksellä.^[2] Territorio lakkautettiin presidentti Benjamin Harrisonin päätöksellä 2. marraskuuta 1889, kun siihen kuuluneet alueet jaettiin nykyisiin osavaltioihin^[1].