Stephen Hindy oppi oluen panemisen jo työskennellessään uutistoimisto AP:lle Lähi-idässä[1]. Vuonna 1987 Hindy ja hänen alakerran naapurinsa Tom Potter irtisanoutuivat töistään ja perustivat Brooklyn Breweryn. Panimon ensimmäinen tuote oli Brooklyn Lager. Brooklyn Lager on valittu Suomessa vuoden olueksi Helsinki Beer Festivalissa vuonna 2006 ja saman kilpailun parhaaksi alle 6% pohjahiivaolueksi se valittiin vuonna 2010 [4]. Yrityksen logon ja pullojen etiketit suunnitteli Milton Glaser, jonka käsialaa on myös I Love NY -logo. Glaser sai vastineeksi pienen osuuden yrityksestä[5].[6]
Ensimmäiset kahdeksan vuotta toiminnasta olut tuotettiin Uticassa ja kuljetettiin Brooklyniin. Vuonna 1996 Hindy ja Potter olivat valmiit investoimaan miljoonia rakentaakseen panimon Brooklynin Williamsburgiin. Alkuvaiheessa kuitenkin Brooklyn Lager sekä kaikki pullotetut tuotteet tuotettiin edelleen Uticassa, koska Williamsburgin tiloissa ei ollut riittävästi kapasiteettia.[7]
Vuosien ajan Williamsburgissa oli liian kallista laajentaa, mutta vuoden 2009 lama ja kiinteistöjen hintojen lasku antoivat mahdollisuuden 6,5 miljoonan dollarin laajennukseen ja 15 lisätyöntekijän palkkaamiseen silloisten 35 työntekijän lisäksi[8].
Vuodesta 1994 asti Brooklyn Breweryn panimomestarina on toiminut Garret Oliver, joka on tunnettu olutasiantuntija ja -arvostelija. Hän on kirjoittanut mm. kirjan The Brewmaster's Table ja toiminut 11 vuotta Great American Beer Festivalin tuomarina[9].[10].
Brooklyn Brewery tekee myös yhteistyötä suomalaisen Sinebrychoffin panimon kanssa. Sinebrychoffin panimomestari Tapio Kangas-Heiska ja Brooklyn Breweryn panimomestari Garret Oliver kehittivät yhdessä Sinebrychoff Brooklyn Two Tree Porter -oluen vuonna 2013 [11].