Varoitus:Seuraava kirjoitus paljastaa yksityiskohtia juonesta.
Peli alkaa siitä, kun Jokeri (ääniroolissa Mark Hamill) on sytyttänyt Blackgaten vankilan tuleen. Batman (ääniroolissa Kevin Conroy) on saanut Jokerin kiinni ja vie hänet takaisin Arkhamin mielisairaalaan, josta Jokeri oli karannut. Kun Jokeri on kuljetettu pääaulaan, hän kuristaa vartijan ja lääkärin, jotka vievät häntä selliin. Jokeri pääsee sähköporttien läpi Harley Quinnin avustuksella, ja juoksee ylös vankisellien ohjelmointiin ja päästää vangit vapaaksi Batmanin kimppuun. Batman saa hoidettua vangit ja lähtee jahtaamaan Jokeria. Pian hän saa lähteä pelastamaan Jokerin nappaamaa poliisipäällikkö James Gordonia.
Juonipaljastukset päättyvät tähän.
Kehitys
Esimerkkinä kehitykseen panostamisesta Eidos-yhtiön Ian Livingstonen mukaan yksi ohjelmoija käytti kaksi vuotta ainoastaan Batmanin viitan animointiin pelin kehitysvaiheessa.[2] Pelkästään viittaan liittyy yli 700 animaatiota ja ääninäytettä.[2]