Keväällä 2006 Venäjän oikeusviranomaiset jäädyttivät säätiön pankkitilejä perusteluinaan rahoituksen rikollinen alkuperä.[7][8]
Talvella 2007 Venäjän viranomaiset syyttivät Hodorkovskia ja hänen liikekumppaniaan Platon Lebedeviä rahanpesusta säätiön kautta. He kuitenkin kiistivät syytökset.[9][10]
Säätiö ilmoitti toukokuussa 2021 lopettavansa toimintansa. Syynä on työntekijöiden suojelemisen syytteiltä. Säätiön toiminta on jo aiemmin kielletty lailla ja julistettu vuonna 2017 ”ei-toivotuksi järjestöksi”.[12]
↑Goldman, Marshall I.: Putin and the OligarchsForeign Affairs. November/December 2004 Issue. Foreign Affairs. Viitattu 23.11.2018. (englanniksi)
↑Sakwa, Richard: ”3 – Why Khodorkovsky?”, Putin and the Oligarch: The Khodorkovsky-Yukos Affair, s. 40. ([vanhentunut linkki]) I. B. Tauris, 2014. ISBN 978-178-076-459-7Google-kirjat Viitattu 23.11.2018. (englanniksi)