Annie syntyi 1847 Claphamissa, Lontoossa. Annien isä oli lääkäri William Wood ja hänen äitinsä Emily Morris. Annien isä kuoli hänen ollessaan viisivuotias, ja taloudellisten vaikeuksien vuoksi Annien äiti joutui jättämään hänet ystävänsä Ellen Marryatin hoiviin.
Vuonna 1866 Annie tapasi nuoren papin Frank Besantin, josta myöhemmin tuli Lincolnshiren kirkkoherra. Vaikka Annie tuolloin olikin vasta 19-vuotias, hän suostui Frankin kosintaan. Avioliitosta syntyi kaksi lasta, mutta Annie oli elämäänsä tyytymätön, koska koki vanhoillisen aviomiehensä näkemykset ahdistaviksi. Samalla Annie alkoi myös kyseenalaistaa omaa uskoaan. Lopulta uskonnolliset erimielisyydet aviopuolisoiden välillä johtivat siihen, että Frank määräsi Annien muuttamaan pois. Erosta tehtiin virallinen, ja Annien poika Digby jäi isänsä luokse, kun tytär Mabel muutti Annien kanssa Lontooseen.
Jätettyään miehensä Annie hylkäsi kristinuskon täysin, ja liittyi vuonna 1874 uskonnottomien järjestöön National Secular Societyyn. Pian Annie kehitti läheiset välit Charles Bradlaughiin, radikaalin National Reformer -lehden toimittajaan ja Ison-Britannian uskonnottomien järjestön johtajaan. Bradlaugh tarjosi Annielle työtä lehden toimituksesta, ja seuraavien vuosien aikana hän kirjoitti useita artikkeleita mm. avioliitosta, koulutuksesta ja naisten oikeuksista.
Vuonna 1877 Besant ja Charles Bradlaugh päättivät julkaista Charles Knowltonin kirjan The Fruits of Philosophy, joka kannatti syntyvyyden säännöstelyä. Besantia ja Bradlaughia syytettiin julkaisusta, joka ”todennäköisesti vaikuttaa huonontavasti ihmisiin, joiden mieli on avoin moraalittomille vaikutteille.” Oikeudessa he kertoivat pitävänsä moraalisesti parempana ehkäistä ajatusta lasten teosta kuin että heidän jo synnyttyään tappaa heidät ruoan, ilman ja vaatteiden puutteeseen.
Besant ja Bradlaugh todettiin molemmat syyllisiksi ”säädyttömään kunnianloukkaukseen” ja tuomittiin puoleksi vuodeksi vankeuteen. Valitustuomioistuimessa tuomio kuitenkin kumottiin. Tämän jälkeen Besant kirjoitti ja julkaisi oman kirjansa syntyvyyden säännöstelystä nimeltä The Laws of Population. Ajatukset naisten osuudesta syntyvyyden säännöstelyssä saivat paljon julkisuutta. Muun muassa sanomalehti The Times syytti Besantin teosta säädyttömäksi, haureelliseksi ja saastaiseksi. Frank Besant käytti Annien saamaa kielteistä julkisuutta hyväkseen vakuuttaakseen oikeusistuimen siitä, että hän olisi sopivampi heidän yhteisen tyttärensä Mabelin huoltajaksi kuin Annie.
Vuonna 1880 Charles Bradlaugh valittiin Northamptonin parlamentin edustajaksi, mutta koska ei ollut kristitty, hän kieltäytyi vannomasta perinteisen kaavan mukaista uskollisuudenvalaa, ja häntä estettiin sen vuoksi ottamasta paikkaansa vastaan. Samaan aikaan Besant työskenteli yhä Bradlaughin kanssa, mutta tutustui myös tunnettuihin sosialisteihin kuten George Bernard Shaw, Walter Crane ja Edward Aveling.
Liityttyään sosiaalidemokraattiseen liittoon Besant aloitti oman sanomalehtikampanjansa, jossa hän keskittyi muun muassa tehdastyöläisten oloihin.
Besant oli huolestunut nuorten naistyöläisten terveydestä Bryant & Mayn tulitikkutehtaalla. Ennen sähkövalon yleistymistä tulitikkuja valmistettiin valtavia määriä, ja tehtaat olivat vaikutusvaltaisia suuryrityksiä. 23. kesäkuuta 1888 Besant julkaisi Lontoossa artikkelin White Slavery, jossa hän kiinnitti huomiota tehtaalla leijuvien fosforihuurujen vaaroihin sekä Bryant & Mayn alhaisiin palkkoihin. Kolme naista jotka olivat hankkineet tietoa Besantin artikkelista, erotettiin. Besant vastasi perustamalla työntekijöille etujärjestön, Matchgirls Unionin. Kolmen viikon lakon jälkeen yritys oli viimein pakotettu tekemään työntekijöille merkittäviä myönnytyksiä, ja lisäksi palkkaamaan kolme erotettua naista uudelleen.
Vuonna 1889 Besant valittiin Lontoon koululautakuntaan yli viidentoista tuhannen äänen erolla seuraavaksi suosittuun ehdokkaakseen. Suuren suosionsa turvin hän ryhtyi tekemään laajoja uudistuksia paikallisissa kouluissa. Hänen uudistuksiaan olivat muun muassa ilmaiset ateriat aliravituille lapsille sekä ilmaiset lääkärintarkastukset alkeiskoululaisille.
Teosofinen Seura
1890-luvulla Besant liittyi Helena Blavatskyn 1875 perustamaan Teosofiseen Seuraan, ja omistautui sittemmin syvästi teosofisen liikkeen toimintaan jopa niin, että 1907 hänestä tuli seuran puheenjohtaja. Besant keskittyi teosofisten ajatusten käytännön toteuttamiseen, ja hän ryhtyi valmistelemaan Suuren valkoisen veljeskunnan maailmansuunnitelman toteuttamista ja Maitreyan ja Kristuksen pikaista tuloa. Tähän tehtävään hän valitsi nuoren intialaispojan Jiddu Krishnamurtin. Teosofinen Seura oli kuitenkin Blavatskyn kuoleman jälkeen jakautunut aatteellisesti kahteen eri suuntaukseen, ja vuonna 1910 Besant ja C. W. Leadbeater perustivat Idän Tähti -järjestön valmistamaan tietä Maitreyalle eli maailmanopettajalle, joka tulisi ilmentämään itseään heidän kasvattipoikansa Krishnamurtin kautta. Myöhemmin Krishnamurti alkoi itse epäillä rooliaan, ja 1929 hän sanoutui irti messiaan tehtävästä kokouksessa, jossa myös Yrjö Kallinen oli läsnä. Krishnamurti erosi Teosofisesta Seurasta ja hajotti Idän Tähti -järjestön.
Intian vuosiensa aikana Besant säilytti yhä kiinnostuksensa naisten oikeuksien ajamiseen sekä muihin sosiaalisiin kysymyksiin, ja kirjoitti yhä artikkeleita Britannian sanomalehtiin kiistellen muun muassa naisten äänioikeudesta. Hän perusti myös The Central Hindu Collegen Benaresiin vuonna 1898. Annie Besant kuoli Intiassa vuonna 1933, ja hänen tuhkansa siroteltiin mereen.
Annie Besant vieraili aikoinaan myös Suomessa.
Teoksia
Aikain viisaus, 1923
Ajan sanoma, 1927
Ajatuksen voima, 1921
Ajatusmuodot, 2006
Bhagavad Gîtâ Herran laulu, 1936
Elämän arvoitus, 1921
Esipihassa, 1943
Ihminen ja hänen ruumiinsa, 1907
Ihminen: mistä ja miten?, 1913
Jälleensyntyminen, 1905
Johdantoa teosofiaan, 1889
Karma, 1907
Kolme tietä jumalan yhteyteen, 1925
Korkeahenkisen elämän lait, 1996
Kristinuskon salainen puoli eli vähemmät mysteriot, 1908
Kuolema, 1921
Maailmanopettaja ja uusi sivistys, 1928
Mahabharata: The story of the great war
Miksi uskomme maailman opettajan tulemiseen?, 1913