Ta sündis eduka kaupmehe Jakob Herzli (1836–1902) ja tema naise Jeannette'i (Janet) teise lapsena. Tal oli aasta vanem õde, kes suri kaheksa-aastaselt tüüfusse.
Pärast Esimest sionistide kongressi kirjutas Herzl oma päevikus: "Baselis ma lõin Juudi riigi. Kui ma seda täna avalikult ütleksin kõigi kuuldes, oleks vastuseks üleüldine naer. Tulevikus, võib-olla viie, võib-olla viiekümne aasta pärast tunnustavad seda kõik."[2]
Herzl ei osanud ei jidišit ega heebrea keelt ega ei avaldanud kummalegi poolehoidu. Ta eeldas, et tulevases juudi riigis räägivad juudid nende maade keelt, kust nad tulnud on, kasutades lingua franca'na saksa keelt.[3]
25. juunil1889abiellus Herzl 21-aastase Julie Naschaueriga (1868–1907). Abielu oli õnnetu, mida soodustas asjaolu, et mees tegeles poliitikaga, kuid naist ei huvitanud poliitika üldse. Siiski said nad kolm last: tütar Paulina, poeg Hans ja tütar Margaritha (Trude).
Paulina kannatas vaimuhaiguse ja uimastisõltuvuse all ning suri 1910. aastal 40-aastaselt heroiiniüledoosi tagajärjel. Hans kasvatati üles mitteusklikuna. Pärast isa surma pöördus ta algul juudi usku, siis baptismi ja siis katoliiklusse, kuid ükski neist ei rahuldanud teda ja oma õe matuse päeval laskis ta end 39-aastasena maha.
Noorem tütar Trude (1893–1943) abiellus endast 17 aastat vanema Richard Neumanniga, kes laostus ülemaailmse majanduskriisi ajal. Teise maailmasõja ajal hukkusid mõlemad Theresienstadti koonduslaagris. Nad saatsid oma ainsa lapse Stephan Theodor Neumanni (1918–1946) 1935. aastal Inglismaale. 1946 astus ta äsjaloodud Iisraeli riigi diplomaatilisse teenistusse Washingtonis. Kui ta teada sai, et tema vanemad on holokaustis hukkunud, masendas see teda nii tugevalt, et ta tegi samal aastal enesetapu. Sellega suri Theodor Herzli suguvõsaliin välja.