Toomkiriku ehitamist alustati tõenäoliselt 13. sajandi kolmandal veerandil, kuid seda täiendati 16. sajandi alguseni. Kunstiajaloolase Kaur Alttoa arvates oli kirik kavandatud kolmelöövilise kaheksatraveelisebasiilikana. Pärast välisseinte osalist valmimist vahetus meisterkond ja jätkati kiriku ehitamist kodakirikuna. Kiriku põhjakülge lisati kabelilööv ja läänefassaadile teine ümar trepitorn. 14. sajandil valmis pikihoone uusesti basiilikana ja lõunaküljele rajati teine kabelilööv. Tõenäoliselt 14. sajandi lõpul rajati uus kooriümbriskäigugakoor. Massiivne kaksiktornidega läänekülg valmis 15. sajandi lõpul või 16. sajandi algul. Kirik pühitseti Peetrusele ja Paulusele; väide, nagu oleks ta olnud pühitsetud Dionysiusele (St. Dionysius Kirche in Dorpat), on pärit 1695. aastal trükitud Christian Kelchi kroonikast ja põhineb eksiarvamusel, kirikus oli nimelt püha Dionysiuse (kõrval)altar[1]. Toomkirik oli Tartu piiskopkonna peakirik ja piiskopikatedraal – Toomemäe teises servas seisis ka piiskopi residents, Tartu piiskopilinnus. 16. sajandil oli toomkirik Ida-Euroopa suurim kirikuhoone ja tellisehitis. Tartu toomkiriku kalmistu oli mitte koguduse surnuaed, nagu näiteks Tartu Jaani kiriku kalmistu, vaid keskaja ühiskonna eliidi matmispaik[2].
Reformatsiooni ajal kannatas toomkirik 10. jaanuaril1525pildirüüste all, mil linnakodanikud tungisid kirikusse, purustasid pühakute kujusid ja krutsifikse (Laidre 2008: 16–17)[3]. Reformatsiooni järel jäi kirik tühjaks ja hakkas lagunema[3][4]. Liivi sõja käigus laastasid seda 1558. aastal veel omakorda venelased. Linnarahvas mattis küll jätkuvalt oma surnuid kiriku varemetesse ja selle ümbrusse ka edaspidi, kuid pärast piiskop Hermann II Weseli Venemaale küüditamist (23. augustil 1558) toomkirikut kirikuna enam ei kasutatud. Liivi sõja ajal (1558–1583) eemaldati Tartu toomkirikust hauaplaadid ning suure tõenäosusega kaevati välja ka kirikusse maetud surnukehi[5][6]. Sellest tulenevalt on säilinud vaid ühe Tartu piiskopi (1373–1378) Heinrich von Velde (†1378) hauaplaat. 2008. aastal avastati toomkiriku põhjalöövist vikaar Stephanus de Velde hauda kaunistama loodud keskaegsest Tartust pärinev inimese täisfiguuriga hauakivi, mis on eksponeeritud Tartu Ülikooli muuseumi fuajee põranda süvendis, muuseumi peaukse juures[7]. 2013. aastal avastati Tartu toomkiriku põranda alt keskaegne tellistest laotud hauakast ja skelett[8], hauakasti hindavad arheoloogid Tartus harukordseks leiuks[9]. Ka matmispaigana pruukisid varemeid eelkõige linna vaesem lihtrahvas ja linna põgenenud maaelanikud, kes arvatavasti ei kuulunud linna kogudustesse.[3][10]
1582. aasta järel, mil Tartu langes poolakate kätte, tehti plaane toomkiriku renoveerimiseks ja uuesti kasutuselevõtuks, kuid järgnenud Poola-Rootsi sõjad nurjasid need kavad. Liivimaa konstitutsioonidega 1582. aastast sai Liivimaast taas katoliiklik piiskopkond piiskopi asukohaga Cēsises (Wenden, e. k Võnnu). Samal ajal saadeti Liivimaale 12 jesuiiti ja Riias algas vastureformatsioon.
Rootsi võimu ajal (1625-1704) lagunes toomkirik edasi, kuid matusepaigana jäi see kasutusele kuni 18. sajandini. Toomkirikust on leitud eriti ohtralt just rootsiaegseid matuseid, mille juures oli sageli panustena münte. Lisaks matusepaigale kasutati kirikut ka heinaküüni ja kuurina. 1760. aastatel lammutati kiriku kõrged kaksiktornid kuni pikihoone kõrguseni, kuna need hakkasid Toomemäel toimunud kindlustustööde tõttu lääne poole kalduma. Samuti müüriti kinni toomkiriku peauks.
1802. aasta järel, kui Aleksander I lubas Tartusse taasrajada ülikooli, otsustas arhitektJohann Wilhelm Krause toomkiriku kooriossa rajada ülikooli raamatukogu. Raamatukogu ehitati aastatel 1804–1807. Krause plaanis tornidesse rajada ka observatooriumi, kuid see jäi siiski teostamata. Mõnevõrra taastati ka ülejäänud toomkirikut. Krause ajast on toomkirikust leitud palju keraamikat ja tuleasemeid, mis tehti varemetesse tõenäoliselt raamatukogu ehitavate tööliste poolt. 19. sajandi lõpus rajati toomkiriku põhjatorni veetorn.
1920. aastatel ehitati ülikooli raamatukokku keskküttesüsteem, raamatukogu ehitati ümber ka 1960. aastatel. 1981. aastal, kui valmis ülikooli raamatukogu uus hoone, koliti toomkiriku kooriossa Tartu Ülikooli ajaloomuuseum. Seda ehitati põhjalikumalt ümber 1985. aastal, mil osaliselt taastati 19. sajandi interjöör. Tööd viidi läbi Kaur Alttoa, Udo Tiirmaa ja Aala Buldase juhendamisel. Nõukogude ajal kasutasid varemeid treenimiseks Tartu Ülikooli alpinistid[11].
Seni viimaseks suuremaks muudatuseks on toomkiriku tornide renoveerimine, misjärel need 2005. aastal huvilistele avati. Seejärel tekkinud Piiskopliku Tartu Toomkiriku Taastamise Selts on püüdnud saavutada kiriku taastamist oma keskaegses hiilguses Lübecki Maarja kiriku eeskujul. 2008. aastal Udo Tiirmaa juhtimisel alanud renoveerimistööd seda siiski ette ei näe, plaanis on kiriku seni varemetes olev osa ümber kujundada kontsertide paigaks. Kiriku suuremas mahus taastamist takistab ka see, et pole kindlalt teada, milline see keskajal välja nägi.
Uurimine
Toomkirik on kõige pikemat aega uuritud Tartu hoone. Selle uurimise algatas 19. sajandi lõpul Tartu Ülikooli toonane arhitekt Reinhold Guleke, kes arheoloogilisi kaevamisi läbi viimata oletas, et kirik rajati 13. sajandil ja tegi selle võimalikke rekonstruktsioone. Esimesed arheoloogilised kaevamised viis kirikus läbi kunstiajaloo professor Helge Kjellin1923. aastal. Seejärel uuris toomkirikut põhjalikult arhitektuuriloolane Otto Freymuth, kes kaevas seda 1926–1927 ja oletas, et esiti ehitati see kodakirikuna, hiljem kujundati ümber aga basiilikaks, samuti, et selle ehitamist alustati pärast linnamüüride rajamist pärast 1262. aastat. Freymuthi esimesed kaks oletust on langenud tugeva kahtluse alla, kuid viimane on tõenäoliselt õige. Kunstiajaloolane Armin Tuulse oletas, et toomkiriku põhiosa võis rajada sama meister, kes ehitas Vastseliina linnuse kirdetorni.
1950. ja 1960. aastatel uuris kirikut kunstiajaloolane Olev Prints, kes arvas, et kiriku ehitamist alustati 13. sajandi keskpaiku ja et torne hakati ehitama 1470. aastatel. Alates 1970. aastatest on kirikut uurinud Kaur Alttoa ja Udo Tiirmaa. Alttoa arvab, et kirikut hakati rajama 13. sajandi kolmandal veerandil ja et see kujunes välja järk-järgult, saades valmis 15. sajandi lõpuks või 16. sajandi alguseks. Kiriku võimsatele läänetornidele anti ilmselt ka kaitsefunktsioon ning ehituses võib aimata tsistertslaste ehitustraditsioone.
Toomkiriku uurimisel on enim tähelepanu pööratud hoonele, tunduvalt vähem aga arheoloogilisele leiumaterjalile. Viimast on hakatud enam arvestama alates 1990. aastatest. Alates sellest ajast on toomkirikus arheoloogilisi kaevamisi läbi viinud Romeo Metsallik, Heiki Valk, Arvi Haak ja Martin Malve. Viimastel kaevamistel 2008. aastal leiti kiriku põhjalöövist massiivne hauaplaat, mis pärineb tõenäoliselt 15. sajandist ja on ainus enam-vähem tervena säilinud toomkiriku hauaplaat.
↑Axel von Gernet. Zum Namen der Dorpater Domkirche. Sitzungberichte der gelehrten estnischen Gesellschaft zu Dorpat 1891. Dorpat 1892. S. 93–99; Axel von Gernet. Verfassungsgeschichte des Bisthums Dorpat bis zur Ausbildung der Landstände. Jurjew (Dorpat) 1896, S. 8
↑Tiina Kala. Piiskopkonnad ja toomkapiitlid. – Anti Selart (koost., toim). Eesti ajalugu II: Eesti keskaeg. Tartu: Tartu Ülikooli ajaloo ja arheoloogia instituut 2012, lk 82–95