Pärast abiellumist Saksi-Wittenbergi hertsogi Rudolf III tütre Barbaraga (1405–1465) lootis Johann lõpuks Saksi-Wittenbergi saada, kui Askania dünastia hertsogite liin kord hääbub. Kui see 1422. aasta novembris juhtus, oli keiser Sigismund Hohenzollernitega halbades suhetes ja pakkus Johannile vaid rahalist hüvitist.
Johann hakkas Brandenburgi valitsusasjades osalema 1424. aastal. Pettununa vaidlustes vaenuliku aadliga taandus Friedrich I 1425. aastal oma Cadolzburgi lossi Frangimaal, andes Brandenburgi valitsemise 13. jaanuaril 1426 RathenowiMaapäeval Johannile, kuid jättes kuurvürstitiitli endale.
Brandenburgi elanikud võtsid Johanni halvasti omaks, kuna tema valitsemine oli ebakompetentne, põhjustades maapiirkondades rahutusi. Valitsemise asemel oli Johann pigem huvitatud alkeemia abil kulla tegemisest, saades seeläbi lisanime "Alkeemik". 1433. aastal valmistati Johannile ette Ulmannuse alkeemilise traktaadi Buch der heiligen Dreifaltigkeit muudetud versioon. Mõistes Brandenburgi ohtlikkust, andis Friedrich I 7. juunil 1437 Johannile Frangimaal kaevandusterikka Brandenburg-Kulmbachi territooriumi, mis sisaldas materjale alkeemiku hobide jaoks. Brandenburgi valitsemine läks Friedrich I vanuselt teisele pojale Friedrich II.
Pärast Friedrich I surma 1440. aastal päris Johann kogu Brandenburg-Kulmbachi, sealhulgas Plassenburgi lossi Kulmbachis. Vanemas eas lubas ta Christophil Baierist valitseda oma valdusi Ülem-Pfalzis kuni Christophi surmani 1448. aastal. Johann valitses Brandenburg-Kulmbachi markkrahvina kuni loobumiseni 1457. aastal, mis võimaldas tal pühenduda alkeemia ja Frangimaa ümbruskonna uurimisele. Ta suri 1464. aastal Scharfenecki lossis Baiersdorfi lähedal.