Jäärja mõisa on esmamainitud 1442. aastal, 1473. aastal oli omanik Claus Albedyll, kes päris selle oma isalt. 1518. aastal sai omanikuks tema poeg Hans. Gergeri mõisaoli Viljandi foogtkonnamajandusmõisaks kuni Liivimaa orduriigi lagunemiseni. Pärast Liivi Ordu lagunemist oli mõis Gotthard Ledebühreni valduses, pärast tema surma kinkis kuningas Sigismund August mõisa Johann Büringile, 1558. aastal, kui Moskva tsaaririigi väed tungisid oma teisel sõjakäigul Saardesse, põletasid nad Jäärja mõisa maha. 1599. aastal kuulus mõis Johann Büringi pojale Friedrich Büringile.
1636. aastal loovutas Rootsi kuninganna Kristiinaeestkostevalitsus mõisa Engelbrecht von Mengdenile. Perekond Mengdeni omanduses oli mõis kuni 1683. aastani, mil see redutseeriti. 1712. aastal restitueeriti mõis Anna Margareta von Banckau (sünd Mengden) pojale Otto Conrad von Banckaule. 1750. aastal sõlmitud pärandijagamislepingu järgi omandas mõisa Barbara Helena von Bussen (sünd Banckau). Perekond Busseni omanduses oli mõis kuni 1791. aastani, mil selle ostis Anna Martha von Ditmar (sünd Haffstein). 1796. aastal omandas mõisa Andreas Anton Gustav von Engelhardt (1774–1841).
1838. aastal pantis ta mõisa parun Richard Friedrich von Ungern-Sternbergile (1810–1891), 1860. aastal müüs Richard Friedrich von Ungern-Sternberg Jäärja mõisast Tali karjamõisa, vesiveski, kõrtsi, ja maad Marie Christine Freyle (sünd von Krüdener). Ungern-Sternbergi suguvõsa omanduses oli mõis kuni 1919. aasta võõrandamiseni. Viimane võõrandamiseelne omanik oli Johannes von Ungern-Sternberg[2].
Mõisakompleks
Ühekorruseline puust härrastemaja rajati 19. sajandi alguses. Hoone on säilinud ümberehitatud kujul ning algsest mõnevõrra lühemana. Kunagises mõisa peahoones paikneb praegu RMKJäärja metskonna keskus.
Säilinud on mitu kõrvalhoonet. Huvitavamad neist on kaaravadega ait ja tall-tõllakuur.