Muuseumi püsiekspositsioonid tutvustavad Ida-Virumaa ja Iisaku ümbruse ajalugu, vanu põllutööriistu ja majapidamistarbeid, meistrite töövahendeid ja käsitöid, õppevahendeid, tuletõrje ajalugu, maakonna loodust ja inimeste eluolu. 2008. aasta alguses oli muuseumi kogudes veidi üle 30 000 eksponaadi.
Peasaali ekspositsioon tutvustab muu hulgas Iisakus elanud vadjalaste ja venelaste segunemisel tekkinud poluvernikute ehk pooleusuliste kultuuri.[1]
Lisaks püsiväljapanekutele korraldab muuseum temaatilisi näitusi. Iisaku Muuseum tegeleb ka koduloo uurimisega.