Klubi on asutatud 23. juulil 1930. Hooajal 1934/35 mängis Girona esmakordselt Hispaania esiliigas. Hispaania kõrgliigasse kindlustati pääs esimest korda alles 2017. aastal, mil Hispaania esiliigas saadi teine koht. Vahepealsetel aastatel mängiti Hispaania tugevuselt 2.–5. liiga vahel. Esimesel hooajal Hispaania kõrgliigas (2017/18) saavutas Girona 10. koha. Järgmisel hooajal langeti liigast välja. Hispaania kõrgliigasse tõusti tagasi 2022. aastal.