5. augustil 1997 otsustas vabariigi valitsus oma korraldusega kujundada riigiettevõte Eesti Raudtee ümber aktsiaseltsiks Eesti Raudtee. 1998 loovutas AS Eesti Raudtee osa oma varast eraldumise teel jagunemise käigus asutatud aktsiaseltsile Elektriraudtee, alates septembrist 2013 kannab AS Elektriraudtee nime AS Eesti Liinirongid.
2. märtsil2001 kutsus Eesti Erastamisagentuuri peadirektor AS Eesti Raudtee 66% aktsiate erastamiseks AS-i Baltic Rail Service (BRS) erastamislepingu ja aktsionäride lepingu sõlmimisele, mille lõplik jõustumine seati sõltuvusse ostuhinna tasumisest. Aktsiate eest pakutud summa tasuti 31. augustil 2001, misjärel said Eesti Raudtee omanikeks BRS (66%) ja Eesti Vabariigi valitsus (34%). See oli Euroopa esimene vertikaalselt integreeritud raudtee erastamine.
2003. aastal oli Eesti Raudtee kaubaveomaht 9256,9 mln tonnkilomeetrit, müügitulu 1737,0 mln krooni, töötajaid oli 2674, vedureid 157 ja kaubavaguneid 3648.