De acuerdo con lo establecido en las cortes de Tomar de 1581, el virreinato o regencia del reino de Portugal debería estar siempre en manos de un ciudadano portugués o de un miembro de la familia real. Este punto sería respetado, habiendo ciertos periodos en los que la regencia fue confiada a una junta de gobierno denominada Consejo de Regencia del Reino de Portugal.
El cargo se mantuvo durante el periodo de gobierno de la Casa de Austria en Portugal, cuando formaba una unión dinástica con los demás reinos españoles. En 1640, con la Guerra de Restauración portuguesa, que produjo la separación de los dos países, el cargo de virrey de Portugal desapareció.
