Virgin Express se fundó el 23 de abril de 1996, cuando el Grupo Virgin (con el presidente Richard Branson) compró la aerolínea belga de ocio EBA - EuroBelgian Airlines, fundada por Victor Hasson y Georges Gutelman, y la rebautizó como Virgin Express. También se hizo cargo de la flota de Boeing 737 de EBA y desde allí operó este tipo de aviones. La aerolínea pronto se concentró en vuelos regulares de bajo presupuesto desde su centro de Bruselas y se convirtió en un importante competidor de Sabena y más tarde de SN Brussels Airlines.
El 31 de marzo de 2006, SN Brussels Airlines y Virgin Express anunciaron su fusión en una sola empresa, denominada Brussels Airlines. La aerolínea combinada añadió destinos de larga distancia y fortaleció su posición en África.
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