El sistema de calificación de este torneo es el mismo del Torneo Apertura 2012 Este se desarrolla en dos fases:
Fase de calificación: que se integra por las 15 jornadas del torneo.
Fase final: que se integra por los partidos de ida y vuelta en rondas de cuartos de final, de semifinal y final.
Fase de calificación
En la fase de calificación participan los 15 clubes de la Liga de Ascenso de México jugando todos contra todos durante las 15 jornadas respectivas, a un solo partido. Se obtienen 3 puntos por juego ganado, y 1 por juego empatado.
El orden de los clubes al final de la fase de calificación del torneo corresponde a la suma de los puntos obtenidos por cada uno de ellos y se presenta en forma descendente. Si al finalizar las 15 jornadas del torneo, dos o más clubes empatan en puntos, su posición en la tabla general sería determinada atendiendo a los siguientes criterios de desempate:
Mejor diferencia entre los goles anotados y recibidos.
Mayor número de goles anotados.
Marcadores particulares entre los clubes empatados.
Mayor número de goles anotados como visitante.
Sorteo.
Fase final
Los siete primeros equipos de la tabla general son los calificados para la fase final del torneo. Los partidos correspondientes a la fase final se desarrollan a visita recíproca y los equipos mejor ubicados recibieron el partido de vuelta, en las siguientes etapas:
En esta fase, en caso de empate en el marcador global (resultado de los partidos de ida y de vuelta) el equipo mejor ubicado en la tabla general de la fase de calificación sería el que avanzara a la siguiente fase. En la final, en caso de empate en el marcador global, se añadirían dos periodos de 15 minutos y, en caso de mantenerse la igualdad, se procedería a los tiros penales.
Equipos por estado
Para este torneo hubo participación de 15 equipos.
Los siete clubes mejor ubicados en la tabla general al término de la jornada 15 elegirán el día y la hora en que se llevarán a cabo sus partidos de cuartos de final de acuerdo al reglamento de la Federación Mexicana de Fútbol, los partidos de ida serían en miércoles y en jueves, y los juegos de vuelta en sábado y domingo. La reunión para determinar los horarios de los encuentros se llevará a cabo el 11 de noviembre del 2012. Cabe señalarse que el club con la de mayor cantidad de puntos al final de la fase regular del torneo, pasará directamente a las semifinales.
Cuartos de final
Semifinales
Final
24 y 25 de abril de 2013 (ida) 27 y 28 de abril de 2013 (vuelta)
1 y 2 de mayo de 2013 (ida) 4 y 5 de mayo de 2013 (vuelta)
8 de mayo de 2013 (ida) 11 de mayo de 2013 (vuelta)
↑El equipo inició de cero sus números de la tabla de cocientes al haber sido readmitido en la liga como una nueva franquicia tras su desafiliación al finalizar la fase regular del Clausura 2011.
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