En su juventud, fue inspirado por los ideales medievales caballerescos. Luego ingresó al Convento de San Pablo de Palencia (1494), donde al cabo de un año vistió el hábito de la orden dominica. Luego de su profesión, cursó estudios de Teología y ejerció como lector de Artes y regente de estudios, con lo que obtuvo reputación y prestigio como académico. Fue enviado a Sevilla para enseñar en el Colegio de Santo Tomás de Aquino (1525) donde se graduó como Maestro en Artes y Teología (1528).
Labores en el Nuevo Mundo
Viajó por primera vez a Indias (al parecer a Santa Marta) en 1528, acompañando al dominico fray Tomás Ortiz, en la expedición de García de Lerma. De allí pasó a La Española en 1532, donde se dice fue regente temporal de la Audiencia y retornó a la Península en 1534. Se le encuentra en Córdoba en 1536.
Llegado al Perú, fue elegido en Lima provincial de su orden (1540). Ante el asesinato de Francisco Pizarro, primero el Cabildo de Lima, y luego el licenciado Cristóbal Vaca de Castro le otorgaron poder para que se hiciera cargo de la "justicia y administración". En consecuencia, procedió a reunir en su convento a los principales almagristas y pizarristas, de los cuales obtuvo el reconocimiento de la autoridad del Rey. Vaca de Castro le consultó sobre establecer un gobierno provisional en el Perú. Se dice que fue escogido por el Gobernador para la labor, por su autoridad moral y prestigio que gozaba en la época. Durante este período, fue crítico con la dureza de los conquistadores para con los indígenas de América.
Nombrado primer obispo de La Plata (Charcas - Bolivia), al poco tiempo de su retorno de España, falleció en el Convento del Rosario en Lima el 31 de agosto de 1555 a la edad de 72 años, mientras se disponía a partir a su sede episcopal.
Luis Antonio Eguiguren (1951). La universidad en el siglo XVI. Tomo I. Fondo Editorial UNMSM.
Bibliografía adicional
EGUIGUREN ESCUDERO, Luis Antonio (1910). «El fundador de la Universidad de San Marcos fray Tomás de San Martín». Revista Universitaria (Lima: Universidad Nacional Mayor de San Marcos) II: 263-303.
EGUIGUREN ESCUDERO, Luis Antonio (1951). «Fray Tomás de San Martín». Revista Mercurio Peruano (290): 195-204.
EGUIGUREN ESCUDERO, Luis Antonio (1939). «Alma mater: orígenes de la Universidad de San Marcos 1551-1579». Lima: Imprenta de Torres Aguirre.