Esta situación de deterioro se prolongó hasta 2002 cuando empezaron los trabajos de reconstrucción a cargo de la Fundación Terminal Terrestre - cuyos socios fundadores son la Municipalidad de Guayaquil, la Junta Cívica de Guayaquil y la Comisión de Tránsito del Guayas.[1] La fundación, presidida por Guillermo Lasso, concluyó los trabajos de reconstrucción en 2007 con la entrega de un edificio principal completamente remodelado con la capacidad de soportar el paso de 42 millones de usuarios por año.[2][3] La remodelación del terminal incluyó la readecuación de las instalaciones interiores para convertirlas en un outlet "mall-terminal", el Outlet Terminal Terrestre.[4]
El costo de la reconstrucción, realizada por la empresa Inmomariuxi, se estima en 50 millones de dólares financiados por la Corporación Andina de Fomento, el gobierno de Lucio Gutiérrez, el Municipio de Guayaquil y fondos de la Fundación Terminal Terrestre.[3]