La prueba de 100 m mariposa masculino del campeonato sudamericano de natación de 2004 se realizó el 27 de marzo de 2004, el tercer día de competencias del campeonato.^[1]​ Cuatro nadadores lograron la marca clasificatoria a los Juegos Olímpicos de Atenas 2004.

Evento
100 m mariposa	Kaio De Almeida Brasil Brasil 54.02.	Luis Rojas Venezuela Venezuela 54.61.	Albert Subirats Venezuela Venezuela 54.91.

Posición	Carril	Nadador	Tiempo
1	4	Kaio De Almeida	54.02. MCO
2	2	Luis Rojas	54.61. MCO
3	5	Albert Subirats	54.91. MCO
4	3	Gustavo Pascheta	55.77. MCO
5	6	Juan Valdivieso	56.61.
6	8	Julio Galofre	56.85.
7	1	Eduardo Carrillo	57.02.
8	7	Felipe Santos	57.22.

MCO: Marca Clasificatoria a Olímpicos.