La prueba de 100 m libre masculino del campeonato sudamericano de natación de 2004 se realizó el 28 de marzo de 2004, el cuarto y último día de competencias del campeonato.^[1]​ Siete nadadores lograron la marca clasificatoria de la prueba para los Juegos Olímpicos de Atenas 2004.

Posición	Carril	Nadador	Tiempo
1	1	Luis Rojas	50.22. MCO
2	5	Jader Souza	50.61. MCO
3	7	Gustavo Borges	51.11. MCO
4	2	Nicolas Mafio	51.89. MCO
5	5	Maximiliano Schnettler	51.94. MCO
6	6	Matias Aguilera	52.01. MCO
7	3	Paul Kutscher	52.12. MCO
8	8	Francisco Paez	52.60.

• MCO: Marca Clasificatoria a Olímpicos.