Fue fundado en 12 de noviembre de 1881 en la ciudad de Southport, Merseyside, aunque el original Southport Football Club era un equipo de rugby hasta el 15 de octubre, fecha en que decidieron cambiar de deporte.
En la temporada de 1884/85 se fusionaron con el Southport Athletic Society, mudándose al Sports Ground, en Sussex Road. En 1921 se unieron a la The Football League, convirtiéndose en uno de los equipos fundadores de la Third Division North. En 1931 se convirtieron en el primer equipo de la Third Division North en alcanzar los cuartos de final de la FA Cup, donde fueron eliminados por el Everton 1-9. Un año más tarde implantaron un récord de asistencia de 20010 aficionados que vieron el partido de la cuarta ronda ante el Newcastle United.
↑ abcLopez, Jamie (18 de octubre de 2017). «Former Bolton and England striker Kevin Davies named new Southport FC manager». Southport Visiter(en inglés). Archivado desde el original el 20 de noviembre de 2017. Consultado el 20 de noviembre de 2017. «(...) Davies arrives alongside assistant manager John Dreyer, with both appointed on two-and-a-half-year contracts. (...)».
↑ abWhitney, Steve (18 de noviembre de 2017). «Gilchrist Leaves FC United For Club Record Fee». The Vanarama National League(en inglés). Archivado desde el original el 20 de noviembre de 2017. Consultado el 20 de noviembre de 2017. «FC United of Manchester’s Jason Gilchrist has joined Vanarama National League North rivals Southport for an undisclosed club record fee. (...)».