La Secretaría General de la Comunidad Andina es el órgano ejecutivo de la Comunidad Andina que, a partir del 1 de agosto de 1997, asumió entre otras, las atribuciones de la Junta del Acuerdo de Cartagena. Este último organismo fue creado en 1969 y eran en principio el encargado de supervisar las acciones y emitir las normas de la Comunidad Andina. Está dirigida por un Secretario General, elegido por consenso por el Consejo Andino de Ministros de Relaciones Exteriores en reunión ampliada con la Comisión. Su sede se encuentra en Lima, Perú. Actualmente el Secretario General de la Comunidad Andina es Gonzalo Gutiérrez Reinel.
La Secretaría General tiene capacidad propositiva, por cuanto está facultada a formular Propuestas de Decisión al Consejo Andino de Ministros de Relaciones Exteriores y a la Comisión, así como iniciativas y sugerencias a la reunión ampliada del citado Consejo, para facilitar o acelerar el cumplimiento del Acuerdo de Cartagena.
Son también sus funciones:
Administrar el proceso de la integración subregional
Resolver asuntos sometidos a su consideración
Velar por el cumplimiento de los compromisos comunitarios
Mantener vínculos permanentes con los Países Miembros y de trabajo con los órganos ejecutivos de las demás organizaciones regionales de integración y cooperación.
Secretarios Generales de la Comunidad Andina
Secretarios Generales de la Comunidad Andina han sido: