El municipio se encuentra a una altitud de 2240 m s. n. m., con una temperatura media de 18 °C.
Se caracteriza por presentar dos zonas con diferentes elevaciones y grados de transformación del paisaje: una de estas zonas, a orillas del río Chicamocha, es cálida y baja predominando la vegetación típica de bosque seco premontano; en la otra, una zona de páramo, predomina la vegetación típica de bosque de robledal. Esta configuración geológica hace que en la región se presenten variados microclimas y paisajes.
Hacia 1773 los territorios de La Uvita y San Mateo pertenecieron a la parroquia de Boavita sin embargo por problemas raciales se separó para dar origen a lo que hoy es San Mateo.
El virrey del nuevo reino de granada Manuel de Gurior aprobó la providencia de fundación del municipio en 1773 que en su inicio se llamó La Capilla pero, debido a que existía un pueblo con este nombre, se denominó San Mateo en homenaje al lugar donde murió el Capitán de Villa de Leyva, Antonio Ricaurte héroe de San Mateo.
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