Pese a lo elevado de tal altitud, las Salinas Grandes de Jujuy son prácticamente el nivel de base de una cuenca endorreica que se continúa hacia el norte en la laguna de Guayatayoc, laguna fuertemente salada y alcalínica. Por el sur y el este, estas salinas están separadas de la quebrada de Humahuaca por la sierra del Chañi, mientras que por el norte y el oeste sus límites se hacen más difusos en el desierto de la puna salada.
El origen de las Salinas Grandes de Jujuy data de un extenso periodo ubicado temporalmente entre 5 y 10 millones de años a. p. En tal extendido plazo la cuenca de este salar se cubrió de aguas con gran cantidad de sales provenientes de la actividad volcánica. La evaporación paulatina de tales aguas saladas continentales dio origen a este salar que posee una costra cuyo espesor promedio es de 30 cm.[1]