Ordenado sacerdote el día 27 de febrero de 1936 en Hollywood, Los Ángeles, por el obispo Mons. Aloysius J. Willinger. Después de su ordenación estuvo trabajando como pastor en Fresno (California), y posteriormente se fue a estudiar Teología a la Universidad Católica de América de Washington D.C.
En 1964, volvió a Fresno donde trabajó como sacerdote, fue director de los servicios sociales, y de las organizaciones benéficas de la Diócesis de Fresno, y también Roger Michael celebraba conferencias en la Universidad Estatal de Fresno. Durante todo este tiempo, Roger comenzó a participar activamente ayudando a los grupos socialmente más desfavorecidos y marginales, y especialmente a las personas que hablaban el idioma español, y por todas estas labores en el año 1967 recibió el título honorífico de Capellán de Su Santidad. Entre los años 1970 y 1975, trabajó como canciller de la Diócesis de Fresno.
El 15 de febrero del año 1980, Roger Michael Mahony fue nombrado Obispo de la Diócesis de Stockton por el papa Juan Pablo II, sucediendo al anterior obispo Merlin Guilfoyle.
Posteriormente, el día 16 de julio del año 1985, fue nombrado nuevo Arzobispo de la Arquidiócesis de Los Ángeles, sucediendo al anterior arzobispo Timothy Manning, y siendo el primer Arzobispo de la Arquidiócesis nacido en Los Ángeles.
Por su paso por la arquidiócesis, Roger Michael, renovó y mejoró la directiva con numerosas iniciativas efectuadas.
En el Terremoto de Northridge de 1994, la primera catedral de Los Ángeles (la Catedral de San Vibiana) quedó totalmente dañada por el terremoto, con lo cual Roger Mahony inició los planes para la construcción de la nueva catedral que pasó a ser Catedral de Nuestra Señora de los Ángeles, que es una de las mayores iglesias católicas en los Estados Unidos.
El 1 de marzo de 2011, el papa Benedicto XVI, aprobó la renuncia al gobierno pastoral como Arzobispo de la Arquidiócesis de Los Ángeles por motivos de edad, nombrando como sucesor como nuevo arzobispo a Mons. José Horacio Gómez. Durante su retiro, Roger Mahony, dijo que tiene la intención de dedicar más tiempo a la defensa de los intereses de los inmigrantes cosa que ha apoyado desde hace muchos años.
