Las tierras de la cuenca del río Pomba se encuentran severamente desforestadas, en un proceso iniciado durante el ciclo del café en toda la Zona de la Mata y que no ahorró ni siquiera las regiones de las manantiales del río. Se trata de un factor que contribuye a la degradación del río, ya castigado por el lanzamiento de residuos industriales y domésticos. En 2003 un grave derramamiento de más de mil millones de litros de residuos tóxicos de una industria en Cataguas causó enormes daños ambientales, siendo los reflejos detectados en el río Paraíba del Sur hasta su desembocadura en el océano Atlántico, en el estado de Río de Janeiro.
