El río forma uno de los mayores desagües de aguas servidas de la Ciudad Guatemala. Está altamente contaminado, contiene poca vida acuática y contribuye a la contaminación del río Motagua y del ecosistema marino en el golfo de Honduras.[1][2][3] En 2022, The Ocean Cleanup instaló una malla metálica en un intento por prevenir el arribo al Caribe de los plásticos acarreados por el río Las Vacas, del cual se estima transporta 20,000 toneladas de basura al año.[4]
El curso del río es interrumpido por la presa de la Planta Hidroeléctrica Río Las Vacas ubicada 18 km al noreste de la Ciudad de Guatemala en la municipalidad de Chinautla. A la par de generar 45 MW de energía eléctrica, la planta representa también un esfuerzo para contrarrestar la contaminación del río.
↑«Impactantes imágenes de la contaminación de un río en Guatemala». Diario Latino. 27 de abril de 2023. Consultado el 26 de mayo de 2023. «El año pasado, The Ocean Cleanup instaló una malla metálica en el río para tratar de detener los plásticos antes de que llegaran al Caribe [...] el río Las Vacas transporta unas 20.000 toneladas de basura al año».