En el siglo X, Taira no Kiyomori renovó el entonces Ōwada no Tomari (大 輪 田 泊,Ōwada no Tomari?) y lo trasladó a Fukuhara (福 原,Fukuhara?), la efímera capital vecina al puerto. A lo largo de la era medieval, el puerto se conocía como Hyōgo no Tsu (兵 庫 津,Hyōgo no Tsu?).
El Gran terremoto de Hanshin de 1995 disminuyó gran parte de la prominencia de la ciudad portuaria cuando destruyó y detuvo gran parte de las instalaciones y servicios, causando aproximadamente diez billones de yenes en daños, 2,5% del PIB de Japón en ese momento. La mayoría de las pérdidas no estaban aseguradas, ya que solo el 3% de la propiedad en el área de Kōbe estaba cubierta por un seguro contra terremotos, en comparación con el 16% en Tokio. Kōbe era uno de los puertos más activos del mundo antes del terremoto, pero a pesar de su reparación y reconstrucción, nunca ha recuperado su estado anterior como principal puerto marítimo del país. Sigue siendo el cuarto puerto de contenedores más activo de Japón.[3]
