El Proyecto del Plegado del Proteoma Humano, en inglés Human Proteome Folding Project (HPF), es un esfuerzo colaborativo entre la Universidad de Nueva York (laboratorio Bonneau), el Instituto de Biología de Sistemas (Institute for Systems Biology, ISB) de Washington, y la Universidad de Washington (laboratorio Baker), dedicado a la investigación de la forma que adoptan las proteínas humanas, y que utiliza el software Rosetta desarrollado por Rosetta Commons).
La Fase 1 del Proyecto del Plegado del Proteoma Humano utilizó el software Rosetta v4.2x sobre el genoma humano y otros 89 genomas más, comenzando en noviembre de 2004 y terminando en julio de 2006. En la Fase 2 (HPF2) se utiliza el software Rosetta v4.8x en alta resolución (modo refinamiento atómico completo), concentrándose en los biomarcadores del cáncer (proteínas cuya presencia se incrementa sustancialmente en tejidos cancerosos), proteínas humanas y malaria.