La prefectura tenía una superficie de 777,95 km² y una población de 44.114 habitantes (2001). La capital era la ciudad de Vathy, situada en la isla de Samos.
Su capital y puerto principal de pasajeros es la ciudad de Vathy, también llamada Samos; otros puertos son la segunda ciudad más poblada de la isla, Karlovassi, y Pythagoreion (llamada Tigani hasta mediados del siglo XX), una localidad en el mismo lugar como capital de Samos durante la antigüedad, un lugar declarado por la UNESCO Patrimonio de la humanidad, en la costa sureste.
El aeropuerto más cercano es el Aeropuerto Internacional de Samos. El aeropuerto mantiene una comunicación táctica con el aeropuerto internacional de Atenas durante todo el año y vuelos chárter desde/hacia el resto de Europa durante las vacaciones de 3 meses de la temporada alta de verano.
Los principales productos de la prefectura de Samos son el vino dulce y el aceite de oliva virgen. Estos dos productos son los principales cultivos de exportación de Samos. Otros cultivos de importancia relativa son los higos secados al sol, las almendras y la miel. La prefectura se divide en las provincias de Samos e Ikaria.
