La forma vegetativa es una célula multinucleada, denominada plasmodio. Esta, en última instancia, se divide para formar nuevas esporas, que son liberadas cuando se rompe la célula huésped. Se producen tanto esporas de resistencia como zoosporas móviles, que por lo general tienen dos flagelos.
Antiguamente los fitomíxeos eran clasificados como hongos, recibiendo el nombre de Plasmodiophoromycota. Sin embargo, los análisis genéticos señalan que pertenecen a un grupo diverso de protistas denominado Cercozoa o que, al menos, están estrechamente relacionados con él.