El pueblo quizás deba su a que en esa localización existía un puente romano que cruzaba el río Arlanza. Del puente original no existen ya rastro pues fue reconstruido en el Renacimiento y a principios del siglo XX se volvió a reconstruir para que fuera más ancho y resistente.
La villa fue repoblada con intensidad en las primeras décadas del siglo X por mozárabes y habitantes del Reino de León.
El nombre del pueblo es citado por vez primera en 1048 en el Cartulario de San Pedro de Arlanza, publicación del Monasterio de San Pedro de Arlanza, bajo la denominación de Perale. Dicho pergamino revela que la comarca se encontraba ya perfectamente organizada y la donación del rey Fernando I del Monasterio, cuya iglesia aún existe y esta declarada monumento nacional.
Peral vivía de la ganadería y en ella había con una casa-torre, derribada en el reinado de Enrique II, desde donde se vigilaba un sector del río Arlanza y un acceso a Palenzuela, pueblo al que Alfonso VI concedió un amplio fuero hasta la llegada de Alfonso X.